По результатам оценки результативности научных организаций присвоена 3-я категория (приказ ФАНО России № 157 от 30.03.2018).
28 октября 2024 года кандидат биологических наук Купчинский Александр Борисович вновь избран директором Байкальского музея СО РАН.
30 сентября 2019 года кандидат биологических наук Купчинский Александр Борисович избран директором Байкальского музея ИНЦ СО РАН.
Байкальский музей ИНЦ СО РАН создан в 1993 году на базе существовавшей ранее Байкальской экспозиции Лимнологического института СО РАН. Экспозиция, рассказывающая о происхождении жизни и исследованиях оз. Байкал, начала создаваться в 1925 г., одновременно с организацией Байкальской экспедиции РАН. Затем она в 1928 г. пополнялась и совершенствовалась на Байкальской лимнологической станции АН СССР, а после создания Лимнологического института СО АН СССР в 1961 г. вошла в него в качестве отдела под названием Байкальский музей со штатом 2 человека. Руководителем музея была назначена В.И. Галкина. Главной функцией отдела было отражение и популяризация научных знаний о Байкале, главным образом собранных сотрудниками Лимнологического института.
19 января 1987 г. Байкальский музей вышел из состава Лимнологического института и стал называться Байкальским музеем на правах отдела Восточно-Сибирского филиала СО АН СССР. Постановлением Президиума СО РАН № 16 от 22 января 1993 г. Байкальский музей получил самостоятельность на правах научно-исследовательского учреждения СО РАН. Распоряжением СО РАН от 2 декабря 1997 г. Байкальский музей стал именоваться Байкальским музеем Иркутского научного центра СО РАН.
